孙中山和国民党的重整旗鼓，黄埔军校的建立，使国民党面貌一新，给中国革命带来了生气。但与此同时，也引起了帝国主义和国内军阀势力的仇恨。英国侵略者最早在广州尝到中国的甜头，所以它一直企图把广州作为控制中国南方的殖民的根据地。孙中山又是联俄，又是联共，无疑对广州地区的英国侵略者的利益是一种威胁。
因此，英国一方面以军械支援陈炯明叛军对广州革命政府进行骚扰；一方面勾结直系军阀吴佩孚，运动已入英国籍的汇丰银行支行买办陈廉伯利用广州商团发动军事叛乱，企图颠覆广东革命政权。
广州商团是一支以商人自卫为宗旨的民间武装。在孙中山改组国民党之前，他们和广东革命政权并无太大矛盾。
孙中山改组国民党后，财政问题是政府面临的严重问题。日常开支、创办军校、筹备北伐，都需要钱，但当时苏联的援助尚未到位。在孙中山的同意下，政府采取了一系列紧急的征税措施。
从民国13年()初，开始对橡胶、甲醇和硫酸氨等征收特别进口税；2月，强令所有商人“借给”政府5至元款子，向在茶楼饭馆就餐的人征收10%附加税；4月，征收清凉饮料税；5月，一切买卖药物、化妆品、婚丧仪式、宗教仪式，乃至人力车都得征税。
这就首先引起了商人们对广东革命政府的不满，于是，商团决定不惜冒巨大风险来对政府进行抵制，又有英国人暗中支持，他们更觉得无所顾忌。
在一次政府的会议上，孙中山从军政部得到消息说，商团向军政部申请要购买大批军火，数目而且巨大：步枪支，配子弹万发，驳壳枪支，配子弹万发；还有大小手枪支，配子弹16万4发。孙中山很不高兴，立即找来军政部长程潜询问：
“这个问题属实吗？”孙中山没好气地问程潜。
“是。”
“你批准了他们吗？”
“批准了。”
孙中山发火了，“谁叫你批准的？”他大声说：“商团有钱，为什么不帮助政府？军校的学生现在用的是木棍训练，你知道不知道？商团买那么多枪，是什么用意？”
孙中山对程潜发了一顿火以后，又立即找到蒋介石：“你赶快派人把商团的这批军火扣下。如果他们找你，你就说是我的命令。”
蒋介石正为军校没有训练的枪械而恼火，截获商团的军火，和捡天上掉下的馅饼差不多，但他掩饰住内心的喜悦，对孙中山敬个礼就执行去了。
8月10日，商团向香港南利洋行定购的枪械由悬挂挪威旗的丹麦商船“哈佛号”运抵广州。刚入口岸，一队全副武装的士兵迅速跃上甲板，勒令将军火转移到早已准备好的汽艇上，全部运到了黄埔军校。
当天，一位英国人，海关税务司，很傲慢地闯进了蒋介石的办公室。他提醒蒋介石，这些枪械都是有护照的，不能随便扣留，要求立即发还所扣的枪械，否则，英国要用海军来保护。
开始，蒋介石还算沉得住气，后来听说海军要来保护，一条青筋立刻从蒋介石光亮的额头上跳出来，但他还是强忍住脾气先是慢吞吞地说：“那就来吧！”说完向那个英国人冷冷地一笑，脸色一变，从牙缝里又挤出了几个字：“来我就打你的海军！”
那个英国人自知这个校长不是好惹的主，就灰溜溜地走了。蓄意谋反的广州商团，以广州革命政府扣留枪械为借口，出动了两千多名团丁，包围了孙中山的大总统府，蛮横地要强取枪弹。陈廉伯一面与军阀暗通音信，准备武装暴动，一面煽动和胁迫商民罢市，以扩大事态。同时，造谣说孙中山的广州政府已经“赤化”了，要“实行共产共妻主义。”
8月13日，廖仲恺以黄埔军校总代表的名义，电请蒋介石派两队学生前往广州市内维护治安，向民众宣讲扣械真相，驳斥敌人谣言。当时黄埔军校枪械奇缺，学生强烈要求把所扣留的枪械发放学员，蒋介石对大家训话说：“如果党里说这个军械我们可以取用，我们就取用，如果党里说我们要始终保管，那就要保管，要完全做一个革命军的模范给大家看，这是我对于扣械案的主张。”
8月25日，商团胁迫广州及附近的多个城镇罢市。28日，英国派出9艘军舰集中广州白鹅潭水域，公开进行恫吓。9月初，江浙战争爆发，孙中山认为这是讨伐北洋军阀的有利时机。9月12日，孙中山亲自率领先头部队出发到韶关，准备出师北伐。蒋介石派出黄埔军校的第一队学生军，作为孙中山的卫队跟随到韶关。
孙中山离开广州后，大元帅由胡汉民代理。胡汉民对商团采取妥协态度。他约了三名商团代表到大本营谈判。胡汉民首先提出了两点建议，第一，这批枪械由商团补报呈批手续，每支枪定价元。除已交陈廉伯的元外，再补交政府60元，核准后发还。第二，商团接受政府的指挥监督。
三位商团代表回去给商团汇报，商团里就像炸了营。“丢那妈，孙大炮算老几，管到我们头上了，老子偏不听，看他怎么着。”“什么大元帅？睬他都傻！”商团里的人并不都是商人，从这些话里就能看得出。
胡汉民的妥协态度，使商团的反革命气焰更加嚣张。10月2日，广东全省个县、镇商团代表在佛山集会，要在“双十”节武装进城请愿。
胡汉民惊慌失措，六神无主，他知道蒋介石的态度强硬，只好找廖仲恺进行商议。2日半夜，廖仲恺被一阵急遽的敲门声惊醒，他匆匆披衣而起。门一打开，胡汉民就气喘吁吁地挤了进来，神情很紧张。
“怎么回事？”廖仲恺一看胡汉民的样子，就知道可能发生了不好的事情，急忙问道。
“乱极了！乱极了！”胡汉民声音嘶哑地说，“大元帅在家时说过，陈廉伯表示悔过，我们就把枪械发还他们。现在陈廉伯自己表示拥护政府，但枪械还被中正扣在黄埔，商团指责政府失信。目前正在酝酿第二次总罢市。”
“拥护政府不等于悔过，现在又闹着进行总罢市，我看这枪也不能发。”廖仲恺气愤地说。
胡汉民显出更加惶恐的样子，说道：“省议会已通过呼吁陈炯明回师靖乱案。陈炯明一回，商团趁机作乱，这省城能不能保就难说了。”
“问题有这么严重？”经胡汉民这么一说，廖仲恺不无担心地问，随口又说道：“那我们得想个办法呀，万一局势不可收拾，我们就无法向太无帅交代。”
“也许，只有一个办法……”胡汉民欲言又止，两眼看着廖仲恺。
这里，廖仲恺明白了，他负责政府的财政工作，当然商团非常恼恨他。廖仲恺沉静地说：“只要对局势有好处，明天我就辞职。”胡汉民紧紧握住廖仲恺的手，半天没有说话。10月3日，廖仲恺宣布辞职，胡汉民接任省长职务。
10月9日，广州市市长兼全省民团统率处督办李福林独自一人坐电船来到黄埔，要求蒋介石发还商团被扣的枪支。蒋介石带着一种非常平静和严肃的神情望着李福林。不管李福林怎么软缠硬磨只有两个字：“不发！”
最后，李福林火了，他把手里的茶杯往桌子上用力一放，说：“我是奉代理大元帅胡汉民之命来的，有道是‘花花大轿人抬人’，我好心好意给你拉拉场，你别让我下不来台，最后吃亏的还是你自己。现在北伐已经开始，如果又闹陈炯明第二次之变，你怎么向总理交代？”
蒋介石仍寸步不让，说：“国事好坏，当由一党负责，不是你我个人的事情。军械已收存在军校，一支枪也不能发还，谁如果想替商团说话，请先撤掉我这个军校校长。”
正好，胡汉民此时也打来电话，要求蒋介石发还商团的枪支，李福林缠在黄埔不走，蒋介石同意先将0支枪械发还商团。
第二天一大早，胡汉民、李福林将扣留的0支枪械由黄埔运往广州发还商团。
对火焰要用冷水扑灭，对敌人要用武力制服。胡汉民对商团的妥协退让，使商团气焰更加嚣张。他们拿到被扣的武器以后，突然宣布实行第二次总罢市。市面顿时一片萧条。西关各街闸门一律关闭，只留下单人通过的缝隙。这一天是“双十”节，陈伯廉决心要在这一天发难了。
国庆日，按照惯例将举行庆祝游行，更何况今年庆祝意义又非同寻常。因为这一年，孙中山把它比作国民党再生的一年。
一大早，在观音山下的第一公园里，已经是人潮如涌。这里被装扮得秀色满园。五颜六色的标语与姹紫嫣红的鲜花争奇斗艳。
今天，中共两广区委决定在这里举行“双十”节庆祝大会。
这一天，黄埔军校的学员兵分两路进行活动。一部分学生在校举行阅兵仪式，一部分学生来广州参加“双十节”游行，以显示强大的革命力量。
他们于凌晨时分集合队伍，乘船来到广州。
他们军装整齐，朝气蓬勃，英姿飒爽。他们排着整齐的队伍行走在大街上，“刷刷”的脚步声犹如擂动的鼓点，威武而雄壮。行进中，他们目不斜视，旁若无人，甩动着臂膀显得刚健有力。
广州城内从来没有出现过这样队列整齐、秩序井然的部队。队伍来到会场上，使会场气氛掀起高潮。要时，会场里人头攒动，争相观望。啧啧的赞叹声不绝于耳。人们不自觉地鼓起掌来，以表示对他们到来的欢迎。
庆祝大会开始了。广东区委书记周恩来首先讲话。此时，他还没有接任黄埔军校政治部主任职务。
周恩来一手叉腰，一手在空中挥动着，声音宏亮如钟，响彻整个大会会场：
“同胞们，近来，反革命的气焰的确很嚣张。但是我们不怕。只要我们组织起来，团结起来，武装起来，就可以战胜他们。不论帝国主义者，军阀政客，官僚或是买办与洋货商人，他们都是革命的对头，我们要勇敢地向他们进攻！”
周恩来振臂高呼：“打倒帝国主义，打倒南北军阀！打倒一切反动派！”
会后，举行示威游行。参加大会的各界群众以开闸的激流，汹涌澎湃地涌向了广州街头。
广州城沸腾了。处处是热烈的口号声，愤怒的声讨声、民众的呐喊声。
当工农群众和黄埔学生和游行队伍经过太平南路时，被商团截住了，说前面正在装运货物，勒令游行队伍改道而行。
双方立刻发生冲突。先是互相对骂，然后是推推搡搡，商团惊恐发现人群愈来愈多，怒吼声震耳欲聋。商团人胆虚，他们向涌上来的人开枪了。游行队伍中，几十人当场中弹倒地，鲜血染红了街头。
游行队伍顿时陷入一片混乱。
人们蕴积已久的对商团的不满终于找到了一个宣泄口，悲壮的人潮不顾一切地向前涌去，商团慌忙后退。这次冲突，造成十余人死亡。多人受伤和被俘。
十几名牺牲和负伤的黄埔学生被抬回了军校，蒋介石像头疯了的狮子，暴跳如雷，在办公室里咆哮：“谁敢向黄埔学生开枪？谁敢向黄埔学生开枪？”
他立即给孙中山发出急电，要求东征军回师广州，平息商团叛乱。
在对待商团蓄谋叛乱的问题上，蒋介石自始至终主张坚决镇压之。当孙中山决心“宁弃广州为破釜沉舟之北伐”，并期望蒋介石放弃黄埔，与他一同开赴韶关时，蒋介石婉言拒绝随师北伐。
蒋介石认为，广州应是革命的根据地，不能放弃，先巩固根据地后北伐才是上策。后来，孙中山又电召蒋介石出师，蒋介石复孙中山一函，称：“埔校危在旦夕，中正决死守孤岛，以待先生早日回师来援，必不愿放弃根据重地，致吾党永无立足之地。”建议孙中山：“早日回首，是为今日成败最大关键也。”
“双十节”流血事件发生，蒋介石给孙中山的急电称：“各军非先准备南下，击灭逆敌，断难北伐。中正当死守长洲，尽我职务。尚请先生当机立断，勿再以北伐为可能，而致犹豫延误。”
孙中山对商团的妥协退让以及举措的犹豫不决无疑使广东革命政府陷入被动的因素之一，而蒋介石则再占上风。
“双十节”事件之后，周恩来力主立刻反击。鲍罗廷也建议立即采取报复行动。
胡汉民自知难辞其咎，事后，立即找到广州市市长兼全省民团统率处督办李福林商讨如何向大元帅交代。
胡汉民对李福林言外有音地说：“登昌，这回你可让人家给耍了。为商团讨回0支枪械，不但未能讨好商团，反而酿出大祸，大元帅不怀疑你和商团串通谋反才怪呢？我看你应该好好地向大元帅作个解释哇！”
李福林也不是个傻子，你胡汉民想把这盆脏水都泼我头上，没门儿！于是也话里有话地说：“代理大元帅可真健忘，你不记得商团的枪械是我俩一同送去的了。有什么向大元帅解释不清楚的？”
至10月13日，孙中山终于下决心以部分部队回师广州。14日，下达平叛令，并委蒋介石以平定商团之全权：
“兹为应付广州临时事变，未平定期内，所有黄埔陆军军官学校、飞机队、甲车队、工团队、农民自卫军、陆军讲武学校、滇军干部学校、兵工厂卫队、警卫军统归蒋中正指挥，以廖仲恺为监察、谭平山副之。”
在此之前，孙中山命令成立一个革命委员会，自任会长，以应付非常之事情发生。并致函广州：“汉民、精卫不加入也未尝不可。盖今日革命，非学俄国不可。而汉民已失此信仰，当然不应加入，反多妨碍而失其用，此固不容客气也。精卫亦非俄派之革命，不加入亦可。我党今后之革命，非以俄为师，断无成就。而汉民、精卫皆不能降心相从。”
政府接到孙中山函后，立刻免去胡汉民广东省长职务，由廖仲恺继任。
15日凌晨4时，蒋介石在鲍罗廷的帮助下，指挥工团军、农民自卫军、黄埔学生军与滇、桂、湘、粤各军，兵分五路包围了商团驻地西关。商团军凭借铁栅栏杆和高楼开枪抵抗。
经过4个小时的战斗，革命军即将商团军打垮。商团军几个头面人物逃往香港，其余被全部缴械投降。战斗中，杀戮最惨烈的是李福林的军队。李福林对商团不守信用恼恨有加，因此，命令他的部队对商团尽力杀死，不留活口。他的部下在浆栏街、杨巷、西堤二马路、十七甫、第四甫、太平路、龙津桥一带焚掠一空。
16日，孙中山又电令胡汉民把西濠口商团的大新公司占领充公，并指示“不必惧外人干涉。”23日，又令胡汉民把占领的商团各机关房所，一律充公，永不发还。
商团叛乱得到平息，解除了广州革命政府的心腹之患，打击了英帝国主义，国民党右派、军阀的气焰，黄埔军校学生团结一致，英勇作战，遵守纪律，初步显示出是一支可靠的革命武装，给孙中山带来莫大的喜悦。
在商团叛乱的整个过程中，蒋介石力排众议，坚守黄埔，最后依靠共产党和工农革命力量，领导指挥了平息叛乱的斗争，并迅速取得斗争的胜利，提高了威信，有利于提高他在革命政府中的地位。
这一胜利，为即将进行的东征和北伐奠定了基础。